A ALL recebeu, através de licitação, a concessão para prestar o serviço público de transporte ferroviário de cargas nas malhas Sul (PR, SC, RS), Oeste (MS) e Paulista (SP) da extinta Rede Ferroviária Federal (RFFSA), pelo período de 30 anos. Para estes trechos a ALL firmou contrato de arrendamento com a extinta RFFSA dos bens necessários a prestação do serviço concedido (chamados de Bens Operacionais).
Os bens que não foram arrendados permaneceram aos cuidados da extinta Rede Ferroviária Federal (RFFSA) e atualmente, após a extinção da RFFSA em 2007, foram transferidos a União.
A ALL detém, também, a concessão para construção e operação da chamada malha Norte, onde atualmente se encontra em operação o trecho de Santa Fé do Sul/SP a Alto Araguaia (MT). Em 2008 iniciou o projeto para o prolongamento desta ferrovia até Rondonópolis/MT.
A companhia mantém um programa de recuperação dos bens operacionais e, através do Instituto ALL, firma parcerias com órgãos públicos com a finalidade de desenvolvimento sócio-cultural nas regiões onde opera.
